基亞公司的新藥開發業務主要針對擁有全部或部分商業權利的新藥開發專案，進行第一期與第二期人體臨床試驗開發。基亞公司專注於肝臟疾病及癌症用藥的開發，核心能力是執行美國FDA及ICH規範下臨床試驗的能力、經驗、品質、速度與效率。基亞公司擁有完整的臨床試驗團隊，可獨立進行新藥專題評估、臨床試驗方案設計、主持人選定、試驗中心選定、主管機關諮詢、試驗執行、監測及與衛生署、中國SFDA或美國FDA的查驗登記送件等。
基亞公司新藥開發事業處由多位專案經理及臨床試驗專員所組成，成員皆具備醫藥護理等專業背景以及多年臨床試驗實務經驗，能順利推動臨床試驗，賦予開發中新藥最高的價值。配合本公司整合的醫學中心臨床團隊的專業能力，能夠在最短的時間，以最合理的費用，快速且優質地將開發中準藥物，轉譯成為通過美國、歐盟、中國和台灣查驗許可的新藥。

基亞公司延續過去與澳洲Progen公司的合作，於2010年6月取得PI-88的全球開發與製造權利，並將於近期內進行全球三期臨床試驗。基亞公司過去在台灣六大醫學中心執行PI-88第二期肝癌臨床試驗成果顯示：對於可經手術切除的早期肝癌患者，實驗組(施用PI-88)與對照組(未施藥)在一年後的肝癌復發率。結果顯示PI-88可使肝癌復發率從50%降為37%；70百分率(70 Percentile)的受試者肝癌復發時間延長78%(對照組為27周，實驗組為48周)。PI-88第二期試驗的成果與效益，是基亞公司新藥開發團隊展現的第一個「成功案例」。面對即將展開的全球第三期臨床試驗的挑戰，本公司新藥開發團隊已開始結合各方資源、能力與經驗，全力以赴直臻成功。
2008年3月，基亞公司與日本的Oncolys BioPharma公司簽訂策略聯盟合約，共同開發擁有全球專利與商業權利的Telomelysin (OBP-301)溶瘤病毒新藥開發案，主要的治療對象是無法以手術切除的中期肝癌患者。該專題已完成在美國執行的第一期安全性臨床試驗，基亞將主導肝癌的臨床試驗，並將於完成第二期人體試驗時，共同尋求對外授權的機會。本策略聯盟旨在結合雙方資源，通力合作以提升OBP-301的價值，並共同分享對外授權後的利益。本專案已獲美國FDA審查通過，將於不久的將來，正式推動第I/II期臨床試驗。

目前新藥開發事業處的研發管線包含數個與肝癌治療有關的臨床前及臨床開發專案。基亞公司的終極目標是在10年內開發一系列治療各期肝癌的新藥與新技術，並成為國際性「肝癌特色藥廠」。基亞公司仍積極第對外尋求學界、生技公司或藥廠的合作機會，期能充分發揮新藥開發團隊的核心能力，及早開發出抗肝臟疾病或抗癌症的新藥，來嘉惠病患，並為公司股東創造最大的利益。