基亞公司的營運目標為 - 立足台灣、胸懷亞洲、放眼世界。在此目標下，團隊秉持「誠正信實」的信念，務實地貫徹公司的各期計畫。希望無負股東所託，符合社會的期待，成為國內生技產業首屈一指的標竿企業。
新藥開發業務方面：短期計畫是驗證基亞公司在早期臨床(第一期、第二期)試驗的能力，創新經驗，創造成功案例。PI-88的臨床成果與獲利，就是達成短期計畫的具體績效。透過短期計畫，基亞公司逐步累積臨床研發能量，擴充新藥研發管線，並開始進入獲利階段。中程計畫則預期在5年內，將2~3個新藥開發案成功推進至美國FDA或歐盟EMEA第三期臨床試驗。長程計畫是逐步蛻變、成長與轉型，成為專注於癌症與肝臟疾病領域，且擁有完整藥物開發、製造與行銷能力的亞洲首屈一指生技製藥公司。
核酸檢驗業務方面：基亞公司在2007年成功取得人類白血球抗原(HLA)檢驗試劑認證並行銷全球之後，短程計畫的具體目標：建構核心能力與技術平台，並為公司帶來銷貨利益，已然達成。中程計畫是在未來的3年中，取得台灣與中國(大中華地區)有關B型肝炎病毒，C型肝炎病毒及愛滋病毒的核酸檢驗產品的認證與行銷，擴大公司的獲利基礎。除了前項產品，其它有關季節性傳染病(如腸病毒、流感病毒)的核酸檢驗或快檢試劑開發、認證與行銷，都是核酸檢驗事業處在中程計畫的重點目標。長程計畫則以整合自動化儀器設備，搭配核酸檢驗產品的「自動化作業平台」開發與供醫療單位使用的遺傳疾病或稀有疾病的臨床檢測產品的開發與全球 (含美國FDA、歐盟EMEA, CE Mark) 認證與行銷為目標。成為「分子診斷」產品開發與銷售的國際級公司，是基亞公司核酸檢驗業務的終極目的。